轄區：金城、金湖、金沙、金寧、烈嶼、烏坵等六鄉鎮。
小組：共25小組。
現有會員數：5,006人。
現有漁船數：197艘。
組織架構圖：

• 代表大會：最高決策單位。
• 理事會：審查漁會會務、業務、預決算及各種章則。
• 監事會：監察理事會執行會員代表大會決議案、各種會務、業務、財務報告、年度決算、會計報告、財務及財產。
• 總幹事：執行理事會之決議，聘僱、解僱、指揮、訓練、考核、獎懲所屬員工，提報理事會審議之事項，綜理本會全般業務。
• 秘書：襄助推展本會全般業務、綜合業務。
• 會務部：會務議事，會籍管理，文書管理，財產管理，庶務管理，會員福利，人事管理，代辦勞健保、商業保險、農地銀行。
  會務部申請業務：申請入會、會員申請退會、會員戶籍變更、會員證遺失補發、勞保生育給付申請、勞保老年給付申請、勞保傷病給付申請、勞保失能給付申請、勞保本人死亡給付申請、勞保家屬死亡給付申請、勞保失蹤津貼申請、老漁津貼申請、眷屬依附保健保、眷屬健保轉出、低收入戶健保轉出、勞、健保在保證明、勞、健保費繳費證明、會費、勞、健保費由金門信用合作社存簿轉帳、海難救助金申請、海難獎助學金申請、農漁民子女獎助學金申請。
• 供銷部：漁用物資進、出口、加工製造配售與金城、金湖、烈嶼生鮮超市營運。
• 推廣部：漁船籍船員等證照換發申請、漁業推廣技術指導、漁村文化救助、漁村福利、建設及推廣計畫執行、漁民組訓、漁貸、漁業巡護等業務及新湖、復國墩、羅厝漁港港務管理工作及修船廠管理營運。
  推廣部申請業務：船員手冊新辦、船員手冊期滿換發、船員手冊遺失補發、漁業執照遺失補發、漁業執照期滿換發、漁船定檢、船員異動、經歷證明、漁船買賣過戶、漁船汰建、漁船讓渡、休漁獎勵金辦理。
• 魚市場：魚市場業務及冷凍廠業務督導，魚貨拍賣魚貨帳務處理及魚市場承銷人申請管理，漁貨加工（計研發紅麴香腸、紫菜酥、頂級黃魚鬆、金島之味休閒食品22種及近期研發之櫻蝦花生酥系列4種、豬肉乾、牛肉乾）等業務，暨新湖漁船加油站業務督導。
• 財務課：本會財務收支、預決算編造控制、單據審核及帳務登記，現金票據之稽查工作及各種契約與憑證保管。
• 信用部：。
• 烈嶼辦事處：烈嶼地區本會各項業務。
• 漁業通訊電台：漁民漁船海難救助協助、漁業氣象資訊、漁業通訊漁船航行安全等服務。