本會成立於民國四十二年，前為「金門縣漁會」，於七十八年加入台灣省漁會，為符合漁會法規定，於八十一年七月一日更名為「金門區漁會」，依據漁會法賦予之任務，稟承政府輔導漁業政策，以保障漁民權益，增進漁民生產收益與生活改善，促進漁業現代化為宗旨。

組織：本會會員有6,387人（甲類會員有6,369人、乙類會員有18人、另無團體贊助會員），分佈轄區各漁村，組成漁民小組25個，設有小組長25人，組設會員代表大會，置代表41人；組理事會，置理事11人；組監事會，置監事3人。

編制：設總幹事一人，綜理會務，並執行理事會議決議事項，置秘書1人。下設會務部、推廣部、財務部、供銷部、信用部、魚市場、烈嶼辦事處，並督導漁業通訊電台業務等部門，計有員工56人。